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肛瘘的分类很多，简单介绍下面两种：
（1） 按瘘管位置高低分类
1） 地位瘘管：瘘管位于外括约肌深部以下。可分为低位单纯性肛口（只有一个瘘管）和低位复杂性肛瘘（有多个瘘口和瘘管）
2） 高位瘘管：瘘管位于外括约肌深部以上。可分为低位单纯性肛口（只有一个瘘管）和低位复杂性肛瘘（有多个瘘口和瘘管）此种分类方法，临床较为常用。
（2） 按瘘管与括约肌的关系分类
1） 肛管括约肌间型：约占肛瘘得 70%多因肛管周围脓肿引起。瘘管位于内外括约肌之间，内口在齿状线附近，外口大多在肛缘附近，为低位肛瘘。
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