关于肛裂的病因尚不清楚，可能与多种因素有关。长期便秘。粪便干结引起的排便时机器性创伤是大多数肛裂形成的直接原因。

关于肛裂的发病学说有以下几种；

（1） 解剖上的缺陷学说  肛裂多发生于肛门后位，主要是由于外括约肌浅层在肛管前后方各形成（Y）形薄弱区，耻骨直肠肌又加强肛管两侧的力量。因此，肛门后部及前部不如两侧坚强。肛管向下后与直肠后壁形成一角度。排便时，干燥的粪便对肛门后方薄弱区的压力最大，又因肛管之后中线血运差，弹力较少，故造成肛门后方易受伤撕裂。这就是肛裂裂口的位置常发生于后方原因

（2） 感染学说  肛管上断齿状线处的特殊结构如肛窦，肛门瓣，肛乳头，肛腺等，容易被干硬的粪团排出时所损伤，使局部产生感染和炎症，或导致肛腺阻塞化脓，溃破后形成肛裂，由于局部炎症刺激，括约肌痉挛，血液供应不足，伤口久不愈合，形成慢性溃疡。

（3） 括约肌痉挛学说   肛门外括约肌皮下部由于病理性因素，纤维化而失去柔软的特性，在肛门外括约肌浅层“Y”形薄弱区区下端形成无弹性的横闸，当干硬粪团通过肛管时，此薄弱区容易破裂而出现裂口，裂口经久不愈便可形成慢性溃疡。

（4） 外伤学说------肛门狭小学说   大多数学者认为，干硬粪团过肛管时，易引起肛管撕裂，尤其是肛门先天性发育不良者，更易受到损伤。