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对肛窦炎的病因，中西医观点不尽相同。
（1）中医观点 本病多因饮食不节，过食甘肥、辛辣、醇酒等刺激性食物而致，或因泄泻、痢疾等湿热之邪下注大肠，蕴结肛门，或因肠燥便秘、肛门擦伤染毒而致。
（2）现代医学观点 本病的发生与局部解剖特点及肛窦的特殊形状密切相关。肛窦位于齿状线两个肛柱之间、肛瓣之后，呈开口向上的漏斗状凹陷小窝，故常有粪渣和异物进入肛窦内而受感染，尤其是大便干结时，由于粪块磨损肛瓣，造成细菌侵犯，引起肛窦发炎，使炎症日益加重。另外，肛窦本身就有引流不畅和易被堵塞的特点，故一旦受到细菌侵犯，不易被清除。因此，粪便积存在肛窦内，就有利于细菌的侵入和繁殖，从而导致受侵犯的肛窦产生炎症、水肿及渗出液增多，并随侵犯的部位不同而引起不同类型的肛肠疾病。
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