电子结肠镜分为乙状结肠镜与全结肠镜两种。电子结肠镜的电子机械构造与胃镜基本相似，尽管检查过程要比胃镜麻烦，但痛苦程度却轻于胃镜，是目前诊断大肠黏膜病变的最佳选择。电子结肠镜是通过安装于肠镜前端的电子摄像头将结肠黏膜的图像传输于电子计算处理中心，然后显示于监视器屏幕上，可观察到大肠黏膜的微小变化，如大肠息肉、黏膜溃疡、糜烂、出血、色素沉着、血管曲张、黏膜充血、水肿及肿瘤组织等，其采集的图像清晰、逼真，对医生进行疾病的诊断具有很大的帮助。此外，电子结肠镜还可以通过肠镜的器械通道送入活检钳取得米粒大小的组织，进行病理切片检查或其他特殊染色，对病变的性质进行组织学定性，如炎症程度、癌的分化程度等进一步分级，有利于了解病变的轻重，指导制定正确的治疗方案或判断治疗效果。通过肠镜器械通道还可以对结肠一些病变如息肉、出血、异物等进行内镜下治疗。近年来内镜下黏膜切除术的开展为大肠巨大扁平样息肉和早期大肠癌患者提供了一种新的微创治疗方法。但因为结肠的长度与弯路均比上消化道长或多，因此肠镜并发症多于胃镜，如腹胀、肠出血、肠穿孔、肠系膜撕裂及心血管意外等。